航空
南京禄口国际机场距市区35公里，走机场高速公路，行车45分钟。机场大巴车费25元。市内各四、五星级酒店及主要三星级酒店均开通了机场专线。
机场班车：
1、市区-机场：南京市区目前已开通中华门、瑞金路、火车站三条机场线路，票价均为25元，运营时间 06：00-20：30 。
南京火车站到禄口国际机场(大巴)，发车地点在南京火车站东广场，也可在瑞金路金润发超市对面上车。每半小时发一班车，行程约1小时。
瑞金路到机场(依维柯)，发车地点瑞金路民航大厦，每半小时一班，行程约50分钟。
中华门到机场(大巴)，发车地点中华门长途汽车站。每半小时一班，中途不停靠。行程约40分钟。
2、机场-市区：
机场1号线(城东线)：从早上第一个航班落地至当天最后一个航班结束，下客站为雨花广场、秦淮区政府、西华门、南京火车站。
机场2号线(城西线)：从上午9点30分至22：00点。下客站为中华门长途客运站、水西门、汉中门、国防园。
3、南京禄口机场还有发周边12个城市的专线巴士，如无锡、宜兴、镇江、常州、丹阳、金坛、溧阳、扬州、淮安、芜湖、马鞍山、滁州等。其中，马鞍山、常州、扬州发车班次较为频繁，其他车次均每日五班以上；发镇江的巴士，每天13：00、14：30和18：30有车，票价55元。
铁路
南京目前有南京站(位于玄武区龙蟠路，玄武湖北岸)、南京西站(位于下关区龙江路)、南京南站(雨花台区雨花路)三个铁路客运站。其中南京站为主要站，承担大部分旅客运输，所有经停南京的列车一般都停靠南京站。南站只有少数往芜湖方向的列车停靠。
4月1日铁道部实行新运行图，南京火车站的列车车次、运行情况发生了较大变化，具体如下：
1、新运行图实施以后，中短途动车组车次由3位数字改为4位数字。宁沪之间共运行38对动车组列车，其中南京始发、终到上海的25对(D5401/5402--D5449/5450)，南京始发到杭州的1对(D5471/5472)。宁沪之间的运行时间在2小时15分钟左右，宁杭之间的运行时间4小时。
2、由于合武、宁合铁路客运专线的开通，除了在宁沪间运行的动车组以外，从汉口、六安、合肥都有动车组经停南京开往上海。
3、北京--上海的D305次，D31次均经停南京，并在宁沪间直达，宁沪间运行时间1小时57分，是宁沪间运行时间最短的动车组列车。
4、除动车组列车以外，宁沪间还保留了两趟T字头特快列车，分别为南通--南京--上海的T7781次和泰州--南京--上海的T7785次，运行时间为3小时30分钟左右，比动车组所用时间长1个多小时，但票价较为便宜，软座车票72元。
市内售票点：南京市区一共有51个火车票代售点，均联网发售车票。市中心常见的代售点主要包括：鼓楼售票处(中山路366号鼓楼邮政大厦三楼营业厅内)，建达大厦(虹桥与山西路之间)，西康路33号(省委招待所礼堂内)，蓝色快车(进香河路9号102室)，洪武路283号(省中旅航服公司内)，大厂区新华路527号(扬子石化票务中心内)，南京市洪武路135号(沃尔玛对面)等。
南京火车站去往各主要地点交通：地铁1号线，可通达市中心新街口、湖南路，玄武湖，鼓楼，夫子庙，雨花台，奥体中心；公交游1路，可通达总统府、钟山风景区；公交1路，可通达夫子庙；公交13路，可通达莫愁湖；公交33路，可通达中华门、雨花台；公交44路，可通达鸡鸣寺、总统府、夫子庙。公交南汤线，可通达汤山各温泉。机场班车，可通达南京禄口国际机场。游1路、1路、13路、33路在南京火车站西公交站台上车，44路、机场班车在东公交站台上车。
公路
以南京为中心，有沪宁、宁连、宁通、宁合、宁马、宁高、宁淮(淮安)、宁洛(洛阳)、宁合(合肥)等9条高等级公路呈放射状通往本省及周边省市。全市有8个长途汽车客运站和虹桥旅游汽车站。
