2006年7月阿勒泰地区行署成立喀纳斯景区管理委员会，行使准政府职能，对喀纳斯地域资源的开发利用和保护实行统一管理。

　　2007年5月8日，喀纳斯景区经国家旅游局正式批准为国家AAAAA级旅游景区级旅游景区。

　　喀纳斯景区位于阿尔泰山之阳，这一地域古来为北方诸多民族游牧之地。额尔齐斯河北岸细石器遗址的发现说明，这里早在八九千年以前就有人从事狩猎、渔猎的人类活动。历史上先后或同时有塞人、呼揭、匈奴、鲜卑、柔然、突厥、铁勒、蒙古、哈萨克等草原民族部落在此生活。在历史演进过程中，这一地域曾先后隶属部族地方政权鲜卑汗国、柔然汗国、突厥汗国、铁勒汗国、回纥汗国、蒙古汗国、准噶尔汗国辖理。清代乾隆二十年(1755)，平定准噶尔部，这一地域归乌里雅苏台定边左副将军管辖。清乾隆二十六年(1761)，隶科布多参赞大臣乾隆二十七年(1762)，清廷将居住在阿尔泰山之阳的阿尔泰乌梁海人编为七旗，次年又分编为左右两翼，设翼长总管，分授总管印信，喀纳斯地域东西部分别属于左翼和右翼。同治六年(1867)，隶布伦托海办事大臣，同治八年(1869)，布伦托海办事大臣裁撤，仍隶科布多参赞大臣，清光绪三十年(1904)，实行“科(科布多)、阿(阿尔泰)分治”，此地隶阿尔泰办事大臣，此时，阿尔泰办事大臣所辖区域直属清廷理藩院，为中央特别行政区。民国初年，沿袭清末旧制，阿尔泰地方仍直属中央政府管辖，设阿尔泰办事长官。民国元年(1912)、民国3年(1914)相继设置哈巴河民政分局、布尔津河民政分局，喀纳斯为其辖区北境。民国8年(1919)、阿尔泰地方归并新疆，设阿山道，是年设布尔津县，喀纳斯地域隶属新疆省阿山道布尔津县，民国19年(1930)哈巴河置县后，今喀纳斯景区西部区域隶哈巴河县。新中国成立后，1980年，新疆维吾尔自治区人民政府批准设立喀纳斯自然保护区。1986年，经国务院批准，喀纳斯自然保护区升格为国家级，隶属新疆维吾尔自治区林业厅管理。2000年，喀纳斯国家级自然保护区，按照“属地管理”原则移交阿勒泰地区，成立“喀纳斯环境与旅游管理委员会”机构隶属布尔津县。2003年，喀纳斯管理机构上划阿勒泰地区，改“喀纳斯环境与旅游管理委员会”为“喀纳斯环境与旅游管理局”。2006年，《大喀纳斯旅游区总体规划》批准实施后，是年7月，撤销原机构，成立喀纳斯景区管理委员会，行使准政府职能，对喀纳斯地域资源的开发利用和保护实行统一管理。