地下水槽遗址

　　这是一个拜占庭时期的地下水槽遗址，在奥斯曼帝国时代依然投入使用，该水槽与一个在卫城上称为大教堂宫的小教堂遗迹在现代被发现。

　　第二庭院是苏丹进行审判及会见的地方，亦用作娱宾。它的运作受到严格的规则限制，以保证对宫廷的尊重及纪律。

　　在崇敬门后的东北方为帝国马厩，在其旁边的是庞大的御膳房，帝国马厩的后方是束发戟兵寝宫。狭长的宫廷御膳房是托普卡匹宫的一个重要特色。部分建于十五世纪，当兴建托普卡匹宫的时候。这个宫廷御膳房是仿照埃迪尔内苏丹皇宫而建，在苏莱曼时代得到扩建，但在1574年被焚毁。宫廷建筑师锡南将宫廷御膳房重建，并应当时的需要加以修建。宫廷御膳房附有员工的寐室、浴室及清真寺，大部分都已失落。现时的宫廷御膳房除了展示厨具外，还会展示一些贡品及厨具收藏品以及一些中国的蓝白色、白色及青色瓷器。

　　在托普卡匹宫收藏有10700件来自中国、日本及土耳其的精美瓷器，都相当罕见和珍贵，其中中国瓷器可追溯到晚宋、元朝、明朝及清朝。托普卡匹宫博物馆是收藏了最多十四世纪龙泉青瓷的博物馆之一，元朝和明朝的瓷器珍藏多达三千件。这些瓷器都得到苏丹及太后的钟爱，他们认为有毒的食物会令瓷器变色。日本的瓷器主要是有田烧，是十七世纪至十九世纪出产的瓷器，还有十五世纪初的白瓷以及来自越南、泰国及波斯的蓝白瓷器赝品。

　　帝国议会位于第二庭院的西北角，邻近吉兆之门。是帝国大臣们举行会议的地方，由大维奇尔、维奇尔及其他奥斯曼帝国领导组成。帝国议会又称为库巴尔提，意思是“圆穹下”，指议会大殿的圆顶。皇宫内的首个议会议事厅在穆罕默德二世统治期间建造，现时的帝国议会则在苏莱曼时期落成，由建筑师阿勒乌丁所建。帝国议会经历过多次转变，1665年发生的后宫大火严重破坏了帝国议会，后来得到修复。据入口处的题字所述，在塞利姆三世及马哈茂德二世在位时期都修建过帝国议会。

正义之塔

　　正义之塔位于帝国议会与后宫之间，是宫内最高的建筑物，成为从博斯普鲁斯海峡都可以看到的一个地标。正义之塔可能是在穆罕默德二世统治时期所建，在1527至1529年苏莱曼统治期间得到修复和扩建。1825年，马哈茂德二世重建塔顶部分，以圆柱及文艺复兴时期的山形墙构成窗户，颇具帕拉第奥式建筑风格。正义之塔象征苏丹反对不正义行为的决心，让远处每一个看到正义之塔的人都感受到苏丹的存在。苏丹曾经登塔观赏风景，以往正义之塔的窗户是有格子的，以免外面的人看到苏丹。在正义之塔上可以看到帝国议会的金框窗户，加强了正义象征的重要性。

吉兆之门是第三庭院(内宫)的入口

　　吉兆之门是第三庭院(内宫)的入口，外宫的界限。第三庭院主要是皇宫的私人及住宅区。吉兆之门的圆顶由大理石柱子支撑著，标志着苏丹在宫内。任何人在没有苏丹的准许下不得擅进，即使是大维奇尔也只可在特别日子及特殊情况下才可得到授权进入。吉兆之门约为十五世纪穆罕默德二世统治时期建造，在1774年穆斯塔法三世及马哈茂德二世统治时修建成洛可可风格，后来又在入口及苏丹字押的上方写上古兰经经文。天花被部分上色，天花中央悬挂著金球。墙身则以巴洛克建筑风格为主，并画上风景缩画。吉兆之门及底万广场用作举行特别庆典。在宗教、庆典节日及新官上任向苏丹宣誓效忠时，苏丹会坐在吉兆之门前方。苏丹的葬礼也会在吉兆之门前举行。该门由苏丹的后宫宦官首领掌管。