据《高要县志》等史料记载，慈云寺始建于明万历十年(1591)年，规模宏大，寺内有大小殿堂二十余间，按中轴线对称分布，依山就势营造而成。建成后游人如鲫，善男信女往来不绝，香火极为鼎盛。明万历三十九年高僧憨山大师路经此地，对慈云寺及周围环境赞不绝口，诗兴大发“拔开尘土见佳山，清福居然在此间，不是得天元最厚，那能轻放一人闲。”

慈云寺牌匾

　　憨山大师于鼎湖山白云寺主持期间，更是经常与慈云寺往来，慈云寺也经常派出僧侣到白云寺学习，交流化学知识，两寺交往甚密。慈云寺寺内供奉着岭南地区室内最大的三宝佛，后来，慈云寺又成为为鼎湖山三十六招提之一，与白云寺以及后来的庆云寺同为世外桃源，是鼎湖名胜，岭南古迹。

慈云寺碑文

　　不过慈云寺后历数百截沧桑，慈云寺于清嘉庆二年曾重修，但于清咸丰十年，怀集大洪国红巾军部将候成截与周青合兵出广宁攻四会，并向高要杀清兵百余人，期间慈云寺被清军焚烧殆尽。但遗址猶存，砖墙石脚，仍清晰可见。1996年经广东省宗教局批准，在旧址扩建重修慈云寺。

慈云寺石阶

　　慈云寺扩建重修工程于1996年春正式动工，历时一年多建成。 新建的慈云寺按原貌扩建。依山而筑，因势造型，按中轴线对称分布。整个建筑以岭南特色为主，融合北方的建筑风格，自成一体。慈云寺建筑面积3000多平方米，共分为前殿，后殿三进。

放生池

　　慈云寺寺前的金不桥，一道山泉自桥底而过，桥的左边是放生池，右边是龟池，巨龟仿佛在溪流中缓缓爬行，栩栩如生。沿着金水桥石階而上。前殿供奉的是弥勒笑佛。四大金钢左右护法，弥勒佛敞怀大笑，看尽俗世三千。见众生普渡而笑。东西两侧的鐘鼓楼，晨鐘暮鼓响徹山间，一派祥和肃穆的气氛。