修院圣堂属巴洛克风格

　　1953年维修时在教堂外立面铺上石米饰面，破坏了原始面貌。后来教堂穹顶更从中间裂开，得澳门文化局维修，于1999年完工对外开放。修院部份并不对外开放。原藏路环岛的圣方济各沙勿略的臂骨亦被移到此。

主堂平面成拉丁十字型

　　修院圣堂属巴洛克风格。正面有三个入口，主堂平面成拉丁十字型，长轴长27米，短轴长16米，长轴两端分别为入口前厅及主祭坛。祭坛供放其主保(圣若瑟)像，装饰甚多，其中两组四枝腰缠金叶的旋柱最具特色，柱头则以破山花形式收结。而与之呼应的是入口前厅中四枝支撑二楼唱诗台，来自原圣方济各修道院的木制盘旋柱。四个拱顶形成一四边内弯之正方形空间，其上以一罗马式穹窿封顶，穹窿直径为12.5米，顶部高度为19米，开有三环各16个窗户，其中最高一环为假窗，另两环才具有透风及采光功能，穹顶内侧为白色，中间是黄色的耶稣会会的徽。

教堂穹顶

　　教堂正立面为一雄浑的墙体，宽24.6米，高19米，大致分为上下、左右各三部份，顶层两边为对称之钟塔，塔顶为琉璃瓦顶，其左钟塔三个窗洞放有大铜钟，左边钟塔正面窗亦有一铜钟，以及一小门通往天台，中间山花中有一耶稣会会徽雕饰。