贺兰山岩画自发现以来，它给人们的震撼和向人们提出的问题几乎同样多。有关岩画的内容、年限、创作族群等问题，专家们各持己见，贺兰山岩画上空的这些谜团至今依然烟云缭绕。考古界有句名言：“唯一能确定的就是不确定！”贺兰山岩画似乎应和了这句话，岩画研究中的诸多观点都陷入一种不可确定中。

　　太阳神岩画是贺兰山岩画中知名度最高的岩画，发现于宁夏贺兰山贺兰口。磨刻在距地面19.5米的山体之上，略呈俯视状，似在俯察和护佑芸芸众生，是居住在贺兰口的先民们祭祀、膜拜的重要对象。

　　手印岩画在世界各地发现较多，代表权力、占有等多种含义，但如贺兰口这种连带手腕的手印为数极少。学术界认为大多代表神灵的形象，手印在这里可能代表了先民们与神灵相通的某种“承诺”或“旨意”。

　　在贺兰山上万幅的岩画中，人面像极具特色。原贺兰山岩画管理处主任贺吉德说，放眼整个地球的岩画图系，在岩画图像中最普遍的人面像，大多集中于环太平洋地区，这个地区有11个国家和地区分布着人面像岩画，但在远离环太平洋的贺兰山却以近千幅的数量成为世界上人面像最集中、图形最丰富的地区。

　　这为学者们出了一道至今没有破解的难题，贺兰山岩画人面像究竟透露出了怎样的文化信息？它是中国本土的产物还是与欧洲、非洲及其他地区的人面像属于同一种文化结果呢？中央民族大学教授龚田夫说：“贺兰山人面像是同一种文化长距离传播的结果。它们一般都刻在圣山上，特点是比较统一。刻的人一般是不住在山里而是住在山外的平原上的。人面像多是摹刻的，看似人面，其实是符号的组合，有着一些基本规律，赤峰发现的人面像就像个星象图。处于内陆的内蒙古额济纳境内就有人面像，不过很粗糙，这说明内陆地区也有人面像。”

　　长期关注并研究贺兰山岩画的首都师范大学教授李福顺说：“在中国发现的岩画中，就人面像之多种多样且集中这一点来说，贺兰山地区最具代表性。”那些奇形异状、形态不同的人面像究竟暗含哪些古老而神秘的信息呢？专家们继续着他们的研究。

　　岩画中出现的车的形象，又扯出了另外一个谜团。美国匹兹堡大学的华裔历史学家许倬云在他的《万古江河》一书中曾提出：“公元前2000年，西亚、南亚、东欧、北非的族群移动十分频繁，这些族群的移动都伴随着战车的传播，而战车正是在这种背景下传入中国的。”显然，没有正式的文献资料为他的这种提法作为例证，岩画或许能提供一些线索：沿着一条自欧洲到亚洲的岩画之路，我们会发现这也是一条战车蔓延之路，而车辆的形状进入中国后就出现在了天山、祁连山、贺兰山、阴山的这条线上。殷商时期，北方的战车在性能上就高于中原地区，姜子牙帮助周文王伐纣时，派遣大将南宫适“求车八百乘于戎”，这些来自北方戎人的战车在摧毁殷商政权的战争中发挥了重要作用。而贺兰山地区当时就属于戎人生活的地区，如今，在整个贺兰山区，车的岩画明确显示这里当时已经拥有了成熟的造车技能。在整个中国岩画分布图上，可以清晰地看到，贺兰山是岩画中车辆图像出现得最靠近中原王朝的地区。但是，这仅仅是一种猜想。

　　这样的猜想还有许多。有学者通过对岩画的解读，认为贺兰山岩画不仅见证了生活在这里的少数部族的原始崇拜、生活场景，也见证了贺兰山地区的人地关系演变。从贺兰山地区的岩画中鱼、水禽等图形到双峰驼、羊、犬、老虎等动物画像的出现，似乎证实贺兰山走过了一个从水产丰足到牛羊遍地再到降水稀少乃至干旱屡降的环境恶化路径。而大麦地岩画中的祈水图，更是突出了岩画晚期的人们对水的渴望。

　　贺兰山岩画的古文字之说，又引发了一个热门话题。宁夏作家、评论家高嵩多年来研究岩画，贺兰山岩画在他的研究中出现了一个“突变”——他认为，贺兰山岩画是用经过巫变造型的文字形式通过敬祖和记事的神圣功用保存在岩壁和砾石上的华族古史，是古老的文字，不仅表文字，还表音。由于他是从音韵学出发探讨岩画文字，使惯常从单纯的岩画进行研究的专家们要么否定，要么三缄其口。而李祥石、原宁夏博物馆馆长周兴华等本土学者则在贺兰山西边余脉的大麦地岩画研究中，提出大麦地岩画是中国最古老的文字，比甲骨文要早得多。

　　盖山林有不同意见：文字是定型的，画却在不同的地方意义不同，北方游牧民族通过岩画来表情达意。甲骨文是汉字，而岩画是游牧民族的，后来的突厥、女真、契丹等少数民族都有自己的文字系统，但和汉字的区别很大。岩画不是汉字的基础。新疆艺术学院教授史晓明也不认同：文字是规范的，是要传播的，贺兰山岩画缺乏文字的这个基础，至少它是前文字阶段的，它可能代表着某种寓意，但它没法传播、流传。

　　诸如此类的谜团和争论，在贺兰山岩画的研究中仍然蔓延着。