木里藏族自治县地处青藏高原南缘，横断山脉中段，位于四川省西南边缘，境内山峦重叠，河流环绕。县境东面和东北面与冕宁县及甘孜州九龙、康定二县隔雅砻江遥望，北面与甘孜州雅江、理塘二县接壤。西南和西北面与甘孜州稻城县连界，南面和东南面与本州盐源毗邻，西南面与云南省迪庆藏族自治州中甸县、丽江地区宁蒗彝族自治县犬牙交错，并同云南省丽江地区丽江纳西族自治县一江相隔。县内最高海拔5958米，最低海拔1470米，相对高差大，气候、土壤、植被呈明显的垂直变化，形成“一山有四季，十里不同天”的立体气候。

　　自然资源

　　土地资源：可使用土地面积118.69万公顷，住宅用地0.3万公顷，农业用地1.405万公顷，其它用地13.77万公顷。林业用地78.3万公顷，牧业用地38万公顷。

　　矿产资源：县境内已初步探明的矿产资源有13种，45处矿产地，其中尤以黄金、铁、铝、水晶等矿产资源为最(耳泽黄金地质储量24.4吨；央岛褐铁矿D级储量928万吨；后所菱铁矿储量509万吨；新山铅锌矿储量22.7万吨)。

　　森林资源：境内林业用地1174.50万亩，占幅员面积的59.11%。由珍贵针叶树种(含铁杉属、园柏属4个树种及少量黄杉)构成的针叶林面积为657.9465万亩，占森林总面积的96.32%；境内活木蓄积量10498.9375万立方米；境内有木本植物627种，分别属81科，199属，其中属“珍稀濒危”国家规定保护的树种主要有：一级保护树银杉；二级保护树白皮云杉、澜沧黄杉、水青树；三级保护树长苍冷杉、黄杉、长喙厚朴、硫黄杜鹃、丽江铁杉、红椿、云南榧树等。

　　水利资源：县境内天然径流量58.13亿立方米，人均58150立方米，是四川省人均水量的18.6倍；全境总的水能理论蕴藏量为467.37万千瓦，小河流可开发水能资源有109处，可开发装机容量17.4122万千瓦，可开发系数为0.1209，可开发的年发电量为104468万度，理塘河、小金河、卧落河、无量河干流量属省级资源，雅砻江干流属部级国家资源，其蕴藏量未计入水能理论蕴藏量内；境内水域面积9.75万亩，占全境幅员的0.50%，其中河流面积8.85万亩，湖泊面积0.90万亩。

　　旅游资源：木里山河壮丽，气势磅礴，风光秀丽，景色迷人，素有“绿色宝库”、“天然动物园”、“黄金世界”之美称。境内名山较多，4000米以上的山峰就有95座，其中最高峰降别勇、强朗多杰高5958米；全县佛教圣地有三大寺及许多小经堂；境内天然秀美的原始高原、湖泊就有十多个。风景优美的盖地、长海子、丁多海子及贡嘎山等是最理想的旅游景点。这里的雪山、林海、奇峰、异水、溶洞、飞瀑、古寺、佛光等都是有待开发的不可多得的旅游胜地。

　　动植物及菌类资源：在俗称“植物乐园”的木里山区，生长着千百种可供利用的野生中药材，有100多个品种，国家指定的二十四种二类药材中，木里就有12种。全县药材年产量达100吨，虫草、贝母、灵芝、三七、雪莲花等久负盛名。各种菌类如蘑菇、鸡棕、木耳很丰富，特别是松茸，近几年身价倍增，远销日本，驰名中外。由于山高林密，人烟稀少，为野生动物园繁衍生息创造了良好的条件，整个木里山区就是一座天然的动物园，栖息着上百种野生动物，种类繁多，其中小熊猫、白唇鹿、云豹、长臂猿、金丝猴、苏门羚、牛羚、金雕等数十种珍禽异兽是国家重点保护的陆地野生动物。经济价值高的中药材还有：黄芪、鹿茸、麝香、熊胆、水獭肝、羌活鱼、雪上一枝蒿、豹骨、猴骨、茯苓、什麻、天冬、玉竹、秦艽、胆草、丹皮、黄精、草乌等。