据碑刻记载，早在宋代大理国统治此地时期，这里是一片茂密的森林，常见一只鹿出没其间。一天，有人逐鹿至林中，鹿忽不知去向，只有一异人前来，指着森林对众人说：“鹿居此久矣，汝辈为何取它？”言毕，亦复不见。众人皆惊诧，以为遇到神人仙鹿，便立小庙，绘塑神像以祀。许愿求神者认为灵验，香火日盛。到了元代元贞年间（1295－1297），郡人何昌明于此大兴土木，请来中原工匠，改建为一殿二塔，绘塑佛、菩萨、大士之像，栖住持，每日晨钟暮鼓，香烟缭绕，成为参禅拜佛之所。并取前述异人事，书“指林寺”匾悬于门楣。因而，碑刻称：“寺始于宋，成于元，而兴于今。”

　　明清时期，指林寺内又增建了天王殿、地藏殿、藏经阁、准提阁、环翠亭等，“幡幢杂沓，鼓钟振扬，为一郡瞻依之所”，“有十方大禅刹之风”，而成为滇南的著名禅寺。明代学者、状元杨升庵谪滇期间，曾应建水归里进士叶瑞之邀，寓居小桂湖泮，并“游颜洞，栖指林”，作有《指林寺》诗一首：“梵音妙音海潮音，前心后心皆此心。试询禅伯元无语，白水青岑环指林。”

　　此禅院尤以建于元贞年间、现在保存完好的正殿闻名于世。经北京古建筑专家考察，证实确属距今700余年的元代古老木构架建筑，省内少有，全国亦属罕见。现仅存指林寺正殿和指林寺牌坊。正殿内保存有两幅佛教工笔白描壁画，为明朝永乐年间成画。一幅为释迦牟尼讲经图，一幅为孔雀明王法会图。正殿丹墀前有指林寺牌坊“第一山”,相传为流之来滇的建文帝光顾指林寺所题。现为省级重点文物保护单位。