以前，保护区管理局的科研所一直作为保护区“科研”功能的承担者。2006年7月,原先的科研所扩展为长白山科学院，以“为保护和开发长白山提供科学依据”。

　　不过，科学院的成立，并未阻止开发过程中发生的破坏。在长白山保护区北坡景区，有一片温泉群，周围曾经生长着一种名叫“瓶尔小草”的国家二级保护植物。这片珍稀小草一直被视作特殊环境下形成的特殊群落，发现30多年来，一直是许多植物学家眼中的珍宝，有的人每过几年就要来看一看，从未间断。

　　直到2006年夏天，管委会为在景区内修栈道，对温泉群附近进行重新规划，不但用推土机进行了温泉水道取直，还在附近修建了一个温泉广场。因为站在广场上看去，这几棵“杂草”有碍观瞻，几名工人奉领导之命，将它们全部拔掉。一名正在执勤的警察劝阻无效，眼看着他们把拔出的草根放在脚下踩烂。专家称，这一举动“基本上使瓶尔小草在当地绝迹了”。

　　“领导不懂科学，懂科学的又不出来说话。”举报此事的长白山科学院工作人员说。

　　沈孝辉认为，新成立的科学院并没有履行自己的职责，相反，由于业务骨干流失，科学院的科研水平并不高，许多“该研究的东西”几乎无人研究。

　　此外，科研管理体制也使科学院束缚手脚。不久前，科学院一位专家进行了一项“动物种群数量调查”，结果出来后，管委会的某位领导认为数量太少，影响保护区形象。最后，专家不得不按照领导的要求对数据进行了修改。

　　“为保护区开发提供专家意见，是科研机构的首要责任。”沈孝辉认为，不管因为什么原因，研究人员在开发热潮中的失声，是“违背了科研的良知和原则”。

　　声音的缺失，并不是针对科研部门的全部指责。