夏鲁寺的兴盛与夏鲁万户长和萨迦王朝关系密切。元朝统一西藏后，界家族的后代吉彩成了萨迦王朝13个万户中的夏鲁万户长。最初是萨迦王朝八思巴的弟弟众生怙主恰那多吉娶了夏鲁家的女儿玛久坎卓本，生了达尼钦波达玛巴拉合吉塔。当时由夏鲁万户承担，作为外甥达玛巴拉的住处，在萨迦修建了辛康拉卓和夏鲁康萨，对达玛巴拉精心照顾服侍。从达玛巴拉开始，萨迦的法主喇嘛兄弟、喇钦贡噶坚赞父子等直到后来的五代之中与夏鲁家是甥舅关系，十分亲密，夏鲁万户比起其他地方首领来，与萨迦的关系更为深远。夏鲁寺也由此而声名显赫，在后藏宗教史上独树一帜。后来，达玛巴拉合吉塔到朝廷朝见忽必烈皇帝时，向皇帝奏请说：在吐蕃乌思藏，有我的舅舅夏鲁万户家，请下诏褒封。皇帝说：既是上师的舅舅，也就与我舅舅一般，应当特别照应。赐给夏鲁家世代掌管万户的诏书，并且作为对待皇帝施主与上师舅家的礼遇，赐给了金银制成的三尊佛象，以及修建寺院房舍用的黄金百锭、白银五百锭为主的大量布施。由于有了这些助缘，修建了被称为夏鲁金殿的佛殿以及大小屋顶殿，许多珍奇的佛像，后来还修建了围墙。在这期间，还迎请了自在观世音菩萨像，修建了神变门楼及各个山间静修洞窟。

　　公元1329年，春堆地震，夏鲁寺遭毁。元朝皇帝赐给大量财物，命夏鲁万户长重整夏鲁寺。为了尽快恢复夏鲁寺，夏鲁万户长吉彩从内地请来许多汉族工匠，和当地藏族工匠合作重新建成夏鲁寺现在这个规模。据说在夏鲁大殿的墙壁上，曾画着一幅汉藏工匠一起修建夏鲁寺的壁画，因年久失修，已无法查证了。然而，能供给我们查证的历史痕迹仍然不少。在夏鲁寺主殿殿顶，铺盖的琉璃瓦、瓷雕、方砖，使人一眼便能看出是内地产品，如果把偏殿仿造内地瓦烧铸而成的产品进行一番比较，能让人一眼看出仿制的痕迹。在夏鲁大殿的风铃上，刻有清晰的汉字。这些事实，足以证明夏鲁寺是汉藏艺术的统一。