400多年来，威镇阁历尽坎坷。清初顺治九年（1652年），郑成功率反清大军与清军大战漳州城，威镇阁被大火焚毁。乾隆二年（1737年），漳州知府刘良璧依旧制重建。又过20年，威镇阁阁顶遭雷电轰毁，两年后，知府蒋允君主持重修。“文化大革命”期间的1967年，威镇阁在武斗中被炮火炸塌。1970年，因海峡两岸局势紧张，兴建沿海十大战略大桥之一的漳州战备大桥时，威镇阁被彻底拆除。20多年来，漳州父老始终挂念着威镇阁，1997年，政府顺应民意，决定筹巨资重建威镇阁。在各方努力下，1999年春节，威镇阁雄姿再现漳州大地，成为漳州市的标志性建筑。

　　现在的威镇阁，依旧为3层建制，八卦形建筑，但规模远超历代。主楼高近52米，高大典雅而不失潇洒，气势非凡，意蕴深长。主楼前亭左右两边，精巧玲珑的三角亭、四角亭，花台错落有致，其间名花异草争芳吐艳，生机勃勃。护廊由精美的浮雕组成，生动地展现出漳州各地的名花名景，堪称漳州风物精华的缩影。山门由两根高7.35米、直径1.2米和两根高6.35米、直径1.1米的浮雕九龙华安玉石柱组成，山门楣额“威镇阁”3个大字铁划银钩，笔力遒劲，是著名书法家启功的力作。山门左右各置一只由重达28吨的整块九龙璧雕琢成的石狮，工艺精湛，维妙维肖。山门前是小广场，广场尽头是一个与威镇阁风格相融的古色古香的威镇阁商业城。

　　为了提高威镇阁的文化品位，芗城区政府将被海内外誉为“中华谜史第一馆”的漳州灯谜艺术馆迁入阁内，丰富的灯谜馆藏，形式多样的灯谜活动，为威镇阁增色不少。今日的威镇阁集人文景观、旅游、赏景、品谜、购物为一体，成为漳州市一道亮丽的风景线。