北宋绍圣年间（1094-1097年），住持道静募化在岩前建寺，初名“石室岩精舍”；崇宁五年（1106年），为了纪念妙应祖师开山功德，朝廷赐额更名“妙应寺”。元至正九年（1349年），遭受火灾，翌年住持道泰重建。明成化年间（1465-1487年）又遭火患，寺宇夷为平地，厥后遗址尽被灌木林莽所覆盖。隆庆三年（1569年）冬，里中进士陈经邦为母卜葬于岩下，夜宿临时搭盖的茅舍，忽闻虎啸于舍外，翌日命人寻至虎穴，以火焚之，草木树林随之焚尽，古刹基址显露无遗。陈经邦登岩观眺，发现此处风光秀丽，感慨不已，迨其官至礼部尚书之时，有感于妙应祖师庇佑，于明万历五年（1577年）倡议大兴土木，重建佛殿，并在寺后建造北极玄天上帝殿，以取水制火（北方属水），从而开了此山佛、仙同居之先河。后又陆续增建大士殿、祖师殿、八仙阁、山门和香积寮等，恢复古刹旧观。陈经邦退休之后还在山上建造别墅，课子读书。他为石室岩撰写的碑记至今尚存。明清奕代，几经重修，并增建“凌云别殿”。最后一次修葺则在晚清光绪丁酉年（1897年），邑人进士刘尚文为记。尔后乃为城中梅峰寺下院，几十年间，盛衰更迭。20世纪80年代由达山法师主持石室岩各项工作。90年代妙敬法师率众全面重建。

　　石室岩风光宜人，文物丰富。岩前一片参天古树，郁郁葱葱，相映成趣，把山门环境营造得更加深邃、清幽。史载北宋之时便有“石浮屠五级，今圮”。明代在石塔旧址上重建现存的七层方形砖塔，中留通孔，人称“天井”。每层原有的木构回栏式塔檐虽因年久脱落无存，然其无檐砖塔古朴庄严的形象，却也富有独特的立图案感。寺后伏虎岩遗址之上有一块巨石，宛若巨舌从山腰向前吐出伸向岩顶，俗称龙舌石。石上古榕盘根错节，绿荫蔽天，周围还有海印洞、空观石、卓锡泉、虎源等诸胜景。而被古人列为“莆阳二十四景”之一的“石室藏烟”（亦称“石室松烟”），更是妇孺皆知的石室岩独特景观。历代文人高士留下不少描绘此一奇观的诗词佳句。此外，岩北1公里许的智泉寺和弥陀精舍，旧时乃为石室岩下院，景象亦佳。