经清代三次扩建，成为青海、甘肃藏区和内蒙古一带颇负盛名的藏传佛教格鲁派寺院。主殿是多吉强殿（金刚持之意），其次是格尔衮殿（多吉强护法）、嘛尼殿、却典拉章（塔尔殿）、德松桑吉殿（万岁殿）、措钦堆康（大经堂）、池康（禅僧殿）、琼拉昂（鸾王殿）等，均规模宏大、富丽堂皇。此还建有外地活佛昂欠多处。据藏文史籍记载，清康熙时，达赖六世被统治西藏的蒙古和硕特首领拉藏汗废黜后，在云游途中曾于妙因寺后的宣化寺下榻，得到当地鲁土司的热情相待，他在这里宏扬佛法，被称为达宝佛。寺内原设扎仓（学院）两处，分别研习佛教哲学和密宗学科，培养了一批高僧，还曾邀请松巴佛、土观佛、华锐饶布萨等著名学者来此寺讲学，使妙因寺成为连结西藏、内蒙古两地纽带上的一颗明珠。该寺原为永登县所属寺院，1956年连同赛什斯等地划归天祝县。该寺的宗教仪式和节日主要有每年正月间的毛兰木法会（祈愿法会），据说这是达赖六世自拉萨介绍过来的。正月初八、初九两天，东大寺、西大寺、古城寺三寺僧人集于妙因寺，举行盛大的宗教活动，在此期间，内蒙古、青海、兰州、天祝和本地的善男信女、商贾、游客络绎不绝，蜂拥而至，香火极盛，热闹非凡。该寺在1958年时虽遭到一些破坏，但其建筑和寺内文物、壁画等基本保存完好。1983年重新开放，现有僧徒4人。