护国寺始建于明万历年间，初为道教“玄帝宫”。天启二年（1662年）毁于战乱，建殿道人不知所往。天启四年，海玉又名“不昧”，俗姓金安徽人，原为明朝将军。经其苦心经营十余年，寺宇初具规模，是为丹霞山开山之祖。崇祯十一年（1638年），大地理学家，旅游探险家徐霞客亲临丹霞山考察。在影修和尚的陪同下，徐霞客考察了此地的山川、河流、人文、交通等情况，并将这些资料一一载入《徐霞客游记》，大大提高了丹霞山在全国的知明度。

　　清乾隆四十六年常怡大和尚在此初开戒坛；光绪三十年光一大和尚继之开坛传戒，弘扬佛法；光绪三十二年圣融大和尚在京得光绪皇帝御赐全部藏经、袈裟、玉印、金钵。光绪皇帝还御封“黔之盘州丹霞山为西南护国丛林”，由此得名“护国寺”。光绪年间、果倧、常向曾兼任贵阳黔灵山寺、昆明筇竹寺、宜良法明寺的方丈，可谓盛极一时。

　　民国二十九年（1940年），修园大和尚丹霞开坛传戒。同时还举行了49天的水陆大斋，以超度前方抗日阵亡将士。此次佛事，有虚云、印光等13个省7个市的65位大德高僧参加，为丹霞山寺以来最盛大的佛事活动。

　　1949年后有众多在护国寺出家的僧人任全国各寺的住持、方丈。其中著名者为洗尘法师，出于丹霞山，后任缅华佛教会创办人，后到美国纽约创建纽约妙觉寺，现为该寺住持。时人称誉护国寺有“高僧倍出”之说。

　　1958年丹霞林区遭到乱砍监伐。1964年，护国寺不慎失火，殿宇被毁。虽然庙宇无存，但是，当地信众及四方游客上山敬香礼佛依然如故。1981年，当闻法师卓锡于丹霞山，与弟子演慧共同出资重建殿堂。在十分艰难的条件下，建成瓦屋三间，供奉佛像，依靠香客游人的捐助勉强度日。1983年，常闻师徒调往水星寺，丹霞山又陷入无人管理的状态，房舍悉皆毁坏。1985年4月，县政协委员董均荣居士在县政协六届二次会议期间，提交了《修复丹霞山名胜古迹，发展县旅游事业》的让案，倡议修复丹霞山护国寺，得到政府的重视，予以批准重建，并于1986年中秋节正式奠基。