第三进是大雄宝殿，迎门的一副楹联，是新加坡吴伟业居士所献，由中国佛教协会副会长、四川成都比丘尼道场铁像寺和爱道堂的住持隆莲法师所撰书：

　　沉沦人尽渡载三千佛子一叶舟中；

　　香水海无边礼百亿法王千花台上。

　　大殿正中须弥座上端坐报身佛卢舍那佛，文殊、普贤，大梵天、帝释天分列两旁。顶上精工雕刻的藻井，整个大雄宝殿顶上，有348尊贴金小佛像围绕卢舍那佛，按佛教《梵网经》经义，象征这所庄严的比丘尼道场，严持比丘尼348戒。佛前供桌和桌上五供具都按明代式样配置。大殿两侧是装金十八岁汉。大殿南端东钟西鼓，晨钟暮鼓修持诵经。

　　进入大殿后的宽敞天井，空地上有一座三层铜制宝鼎和一对石灯台。广场周围建筑都是两层楼阁，东西两厢的楼上东边是专供海外女宾来寺院时的四套客房，按春夏秋冬季节特点布置有明式床寝家具，但配有现代化的卫生设备。西楼上是沉香阁常住比丘尼们的寮房。楼下东庑是客堂，千手观音殿和伽蓝殿，伽蓝殿内供有一尊明代木雕伽蓝神关羽像。西庑是祖堂，祖堂内供着沉香阁(慈云禅院)历代祖师莲位，和1943年起即卓锡于此、并一生弘扬《华严经》的“华严座主”应慈法师的莲位。

　　天井正面的建筑，可以说是全国独特的。从庭院向上看，正中四根立柱架起一重飞檐，檐上一个悬空亭阁，东南西全部落地窗。这就是全国闻名的沉香阁的阁，赵朴初居士为之题额为“南海飞渡沉香大士宝阁”。登两侧的楼梯而上，立即可闻到芳香馥郁，到此方是真正的沉香阁。虽然名称为阁，实际上，阁只是凸出向外的十乎方的小阁，放几把明式单背的椅子和高脚花几而已。

　　阁的后面的就是一个观音殿，上面张挂着绣有“南海宝筏飞渡沉香大士”的欢门和四条风幡。正面一个大佛龛，龛前一张明式楠木大供桌，明黄色瓷五供具，恰到好处地陈列在供桌上，二尺高的缕空香炉内，飘出缕缕檀香味。佛龛两侧有铜制伽蓝神和两童子像。佛完内供的就是沉香观音。这尊沉香观音，又名如意观音。观音呈坐像，原高三尺，是用特别名贵的沉香木雕就，故而得名。屈右足于坐上，右肘倚于右膝上，左手支撑于座上，头微右侧，作凝思状，花冠缨络，庄严慈祥。传说，据《隋书》记载，隋大业四年(608)，隋炀帝派大臣常骏出使南方国家，赐赠中国工艺品等礼品，赤土国回赠沉香观音一尊，常骏回到长安，正值隋炀帝巡游扬州，常骏等从淮河乘船赶往扬州，途上遇风翻船，沉音观音沉落淮河。直至明代潘允端发现后，奉回上海，建阁供于此处。据说原来每逢雨天，沉音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。

　　现在的沉香观音，是由沉香阁住持观性法师1990年专程去泰国，从泰国募集到一段极其珍贵的真正的沉香木，价值一万多美元。运回上海，配以上等檀香木，照原样放大重雕而成，其神态和工艺水平，不逊于原像。阁的楼下为慈云堂，里面装修、布置简洁古雅，正中北壁一长几、一八仙桌、两张靠椅，两侧各四张靠椅，居上空地一张园拼桌，四个鼓形园凳。全部明式红木所制，无桌围椅披，高雅而有气度；所有摆设，不过是左右各一座黄梨木独幅屏风，红木长几上一大理石插屏和一对花瓶而已。正面壁上一幅彩描观音中堂和两副对联，分别由赵朴初居士和真禅法师所撰书：

　　赵朴初所撰为：

　　花海沉思洞明自性；

　　旃檀香风恒可众心。

　　真禅法师所撰为：

　　无我无人观自在；

　　非色非空见如来。