位于山南雅砻河东岸的贡布日山南麓，距乃东县约二公里，属格鲁派寺院。建于松赞干布时期，据说文成公主曾在该寺驻足修行。寺中悬挂有一口铜钟，在整个西藏都很有名。藏语中，昌是鹰、鹞的意思，珠是龙的意思。相传此地在建寺前有一恶龙，被松赞干布化身为大鹏降伏后才得以建寺，故得名。莲花生和米拉日巴等有名的人物都曾在昌珠寺周围修行，其修行地遗址仍存，是佛教信徒朝拜的圣地。昌珠寺珍珠唐卡为镇寺之宝，所画的是坚期木尼额松像(观世音菩萨憩息图)。整个唐卡长2米，宽1.2米，共耗珍珠26两(计29026颗)，镶嵌钻石一颗，红宝石二颗，蓝宝石一颗，紫宝石0.55两，绿松石0.91两(计185粒)，珊瑚4.1两(计1997颗)，黄金15.5克。昌珠寺系吐蕃时期第一批兴建的佛教寺庙之一，地当昌珠区治所。这儿林木葱茏，风景绝佳，古往今来一直是山南的政治经济中心之一。昌珠寺建于松赞干布时期。传说文成公主用五行算法算出妖魔罗刹女的一臂在贡布日山的西南方向，需建一寺镇压，方能保证国运昌盛，而那儿是一大湖，湖中有一五头怪龙在兴风作浪，于是松赞干布即在贡布日修法，终成正果，遂令大惊鸟降伏了怪龙，湖水也随之干涸，昌珠寺亦即在此建成。传说带有浓厚的神话色彩，但是将昌珠寺和松赞干布、文成公主及大昭寺联系在一起，至少说明关于该寺始建于松赞干布时期的说法是可信的。昌珠寺最早的建筑，是现主寺对面的小殿，名“乃定拉康”，习惯上则常称“乃定学”（第一层）、“乃定当”（顶层）。乃定学东西长10.2米，南北宽7.3米，内有六柱。殿内后壁原供奉佛像甚多，本尊则为松赞干布。乃定当与乃定学范围相同，本尊为莲花生。据说这幢早期建筑当年是用“贝玛”草堆砌起来的，而现在的建筑则是石木结构，说明是晚期修缮的格局。昌珠寺最初的规模很小，据说只有六门六柱和祖拉康，以后该寺在原有建筑上曾经三次大规模的修缮和扩建。