目前，见诸于世的资料中，大都称宿迁皂河龙王庙行宫建于清代康熙年间，具体时间，因何而建皆记载不详。乾隆御制碑文中也只简略地提了两句，第一句是：“江南宿迁县之皂河庙祀显佑通济昭灵效顺黄河之神，由来旧矣。”主是说皂河这个地方设庙供奉黄河之神已经很有历史了。第二句是：“祠宇岁久且圮，弗称祀典。”意为祠宇因年代久远而倒塌损毁，已无法举行祭祀典礼了。

　　在宿迁民间还有称“龙王庙”为“皇太庙”的。有一种说法是，此庙为明太祖朱元璋敕令建造。而在近几次龙王庙行宫的修复工程中却屡屡发现带有典型明初特征图案的瓦当、滴水。如“穿花龙”滴水，“云龙”瓦当，其龙纹均头小颈细，三爪尖尾，带有典型的元未明初龙纹特点。

　　现在每年的正月初九,都会举行“皂河龙王庙会"。