武夷山已知的动物种类有5110种，其中：哺乳纲71种，鸟纲256种，鱼纲40种，两栖纲35种，爬行纲73咱，昆虫已定名4635种(其中有700余个新种，20种中国新记录)。在动物种类中尤以两栖、爬行类和昆类分布众多而著名于世，中外生物学家把武夷山称为"研究两栖、爬行动物的钥匙"、"鸟类天堂"、"蛇的王国"、"昆虫世界"。目前，已列入国际《濒危物种国际贸易公约》(CITES)的动物有46种，黑麂、金铁豺、黄腹角雉等11种列入一级保护。属中日、中澳候鸟保护协定保护的种类有97种。中国特有野生动物49种，崇安髭蟾(角怪)、崇安地蜥、崇安斜鳞蛇、挂墩鸦雀更为武夷山所特有。