君山植被茂密，种类繁多，据调查有99科221属310种。其中古树名木20种，生长于柳毅井东山坡，属蔷薇科，树龄280年，常绿乔木，本无奇处。但不知何时借助谁的力量，将棉藤、苦瓜芦、威灵仙之类的种子撒落到树的蔸部洞眼里，春风雨露，3种藤绕干缠枝直达树梢。在树的肩部，一个树洞里又长出一株挺拔的女贞。暮春时节，一树五叶四花，蔚为壮观。即秦始皇火烧君山劫后余生之树。《史记・秦始皇本纪》载：始皇二八年（公元前219年）南巡衡岳，因阻风君山，迁恕湘山神二妃，故而赭树烧山。宋代时，赭树坡有秦皇火烧过的大樟树数株。至清末尚是大可数围，腹中半焦，后遭砍伐。今仅存次生林，树蔸根围7.26米，直径2.46米，高15米，树冠浓荫110平方米。青葱欲滴，生机盎然。生长在君山龙舌山尾部，属樟科，共2株。它的根部仅剩约8厘米厚半边树壳，但6米长的树干上面照样缀满青枝绿叶。据测定，它们已顽强生长了220年。生长在原崇胜寺后院中，本犀科，树高14米，胸径0.5米，每年农历8月，开黄色小花，满岛芳香。相传此树为南宋农民起义军领袖杨么所栽。1972年，日本前首相田中角荣访华时谈起他曾在侵华战争期间看到过君山的桂花树。经测定，金桂树龄300年。又叫红绿叶，常绿乔木，杜英科。它的树高可达20米，叶椭圆形，花白色，果如花生米大小，味甜能吃，是我国稀有树种，因叶色红绿相间而得名。在君山生长着近200株，最长的树龄已达140年。一般来说，杜英树换叶的时候，新叶鲜红，老叶由绿变红。而君山的杜英树却独具特色。在大树老枝上有的叶面是红色，叶背是绿色；有的红叶亮着光泽，红得透明耀眼，竟是嫩叶。喉咙乓山脚下的一棵杜英树，一年中两个季节树叶一半红一半绿，不同一般。学名紫薇，落叶小乔木，高可达7米，叶对生，木棚圆形，夏秋开花，结球形果;盛夏绿遮眼，此树红满堂之赞语，现生长在洞庭山庄南侧悬崖处，约5－6株，枝干遒，树叶稀松，已有百岁之龄。当人手轻轻抚摸它的光滑躯干时，便象触电一样浑身颤抖起来，枝条摇曳，越来越厉害，竟发出沙沙的响声，仿佛大风吹过一般，故俗称怕痒树。清代吴敏树在《君山芝龟记》中讲他曾于同治三年春正月，……，使命工辟草，则获芝一本，大如饭盂，色深紫而光，茎削以坚。据县志载，他还有《君山芝二首》诗，其一曰：我从君山来，移山入我屋；独坐情无言，如闻紫芝曲。君山产金龟，而护于灵芝草旁，自古而然。在君山酒香山头，藤本常经灌木，常簇生，叶片比七里香稍小，高的能长到1米多，每到春二、三月，藤上开出一朵朵白色的小花。这种花不畏寒冷，能斗雪而开，花香醇如甜酒，被当地人称为酒香花，它的藤称酒香藤。据考证，酒香山每春时径径有酒香就是从它的身上发出的。古时候，君山的僧道们常以此花酿酒。