战国时期，楚国左徒屈原遭谗被逐，曾在汨罗江畔的南阳里。玉笥山一带居住，公元前 278年（楚顷襄王二十一年）夏历五月五日投汨罗江以身殉节。投江后，楚人在其南阳故里修建屈原庙，公元 907年梁太祖追封屈原为昭灵候，昭灵候庙更名为叫忠候庙；南宋绍熙三年（1192）朱熹守潭洲，奉敕重建，复名汨罗庙。元至和十六年(1279)，元世祖加封屈原为洁清烈公，清烈公庙更名为忠洁清烈公庙。明洪武二年(1369)，湘阴知县黄思让重建，并在庙前建濯缨桥、独醒亭。嘉靖二十年(1541)知县戴嘉猷拆南阳寺僧舍徙建于玉笥山对岸江边，复名汨罗庙。清乾隆二十年(1755)，庙宇被江水侵蚀，知县陈钟理以屈原曾居玉笥山，将汨罗庙徙建于玉笥山。同治八年(1869)，乡闾集资重修，更名为屈子祠，书法家虞绍南重书历代碑文刊祠内。民国14年(1925)在祠西建汨罗公学（民国18年改为汨罗中学），与汨罗书院建筑对称。抗日战争期间，日本侵略军一度驻兵祠内，并焚毁前进西厢房，旋即为当地乡民修复。1953年，省、县级人民政府拨款修葺。1956年列为省级文物保护单位。“文化大革命”中，两翼建筑被拆除，祠内文物及祠周一批古迹遭破坏。1980年，省人民政府再度拨款修葺，同时对外开放。此后，相继修复祠及祠周一批古迹，并在祠侧汨罗书院和汨罗中学的遗址上修建仿古式建筑龙舟陈列室和休息室等附属设施。1988年，经国务院审定，列为“岳阳楼洞庭湖风景名胜区”一级景点。