祖祠始建于宋代，祀妈祖木室像，据《敕封天后志》载：“世传祠内室像，系异人妆塑，各处供奉之偈，皆不能及”。因祠内前殿供大会供奉妈祖室像。额称“天后祠”，后殿供奉圣父母及其先代牌位，额称“林氏祖祠”，故尊为“天后祖祠”。明永乐十九年（1421年）祠坏，朝廷内官司奉旨赴港整修致祭，称“天妃祖祠”。清顺治十八年（1661年）以对抗明郑宫事行动，沿海截界清野，村人及妈祖室像内迁涵江。康熙二十年（1681年）复界，祠已尽毁，裔侄孙麟火昌发起重建，向涵江人迎回妈祖室像，涵人拒之，双方因请王交卜，得九十九圣王交，涵江人逐具船礼送室像还港。康熙二十三年，敕封天后。时祖祠受风吹蚁蚀、瓦漏墙倾，由台湾凤山县教职林霈发起募捐，相地于祠址后山重建，至乾隆五十一年（1786年）九月建成。乾隆五十三年（1788年）奉圣春秋两祭，载入礼典。1958年大炼钢铁运动中，祠夷为平地，室像赖村妪抢救，得于幸存，1984年村民集资按原式重建，到1988年2月2日（农历丁卯年十二月十五日）举行告竣大典。今祠内保存宋代妈祖室像，清乾隆石刻碑记及附近的“妈祖故居”、“受符井”、“八封井”、“连础面柱”等宋代文物。1989年辟为“莆田县贤良港天后祖祠游区”，1991年福建省人民政府公布为省级文物保护单位。

　　近年来，台湾等各地妈祖信徒来“螺港寻源、竭祖朝圣”的进香团、考察团络绎不绝，并解囊资建“三门碑坊”、“钟鼓楼”、“通宾阁”，使祠宇日臻完善、壮观。