娘娘寨村区域内的盆地、溶洞、山体发育在6亿年前的海洋中沉积的厚达千米以上的灯影组白云岩、白云质灰岩中。由于历经澄山运动、加里东运动、海西运动、燕山运动、喜马拉雅运动等强烈造山运动，岩层经历了强烈折皱、断裂作用，岩石中的断层和节里裂隙极为发育。在娘娘寨村落南部山体主要分布了震旦纪灯影组的石灰岩和白云岩；北部分布了早震旦纪的紫红色砂砾、岩砾岩和灰绿色纷砂岩等非碳酸盐岩。根据世界自然遗产标准，经中科院地理研究所专家组勘察认定，娘娘寨村地质文化在科学上具有普遍意义，其体量及属性方面在世界上和国内的地位非同寻常。尤其是娘娘寨黄仙洞至水没坪洞内边石池大厅、钙膜片边坝、石将军溶蚀石牙、三拱门地貌景观是世界上地质和地貌事件产生的典型事例，为世界地质专家所瞩目。

　　娘娘寨村有四大观赏林——500亩楠竹、5000亩刺杉林、300亩枫林、250亩银杏林。有9种国家级保护树种——银杏、香果树、青檀、核桃、连香树、鹅掌楸、厚朴、黄莲、杜仲。有216棵古树和2处古树名木群落。成子寨古树群落——主要是榔榆、朴树、栗树、黄莲、柏树。其中有榔榆89株，集中分布在古道观周围，树龄皆在350年以上，有2株古榔榆树龄达850年。大的直径1.9米，小的也有1.3米，树高都在20米以上。覃树岭古银杏群落——分布数量达106株，树龄皆在300年以上，其中千年银杏有4棵，杆粗直径约2米，华冠如巨伞。