进入清代以后，山上宗教活动虽然已不再有昔日的盛况，但也没有很快地衰败下去，并且有所发展。一类是重修，一类是创修，例如康熙五十七年补修了法轮寺，雍正戊辰年补修了真乘寺。创修的有建于康熙五十四年的招鹤堂，康熙元年创建之灵龟台，在中台又修建了飞升宫、五龙宫、三皇楼，在山下月石峡口修建了王母宫，在凤凰岭上修建了弥陀庵等。清代虽然在山上再没有修建高大的佛塔，却为几位高僧修建了小型墓塔。例如在北台西侧的丘阜上有为亮旭和尚建的灵秘塔，有为补崖和尚所建的普同塔，有为石剖禅师所建的隐相塔，还有些位于居士林附近的大彻禅师园寂塔等。这墓塔的建立，为研究清代崆峒山的宗教活动情况提供了珍贵的资料。清代同治年间的西北回民起义使平凉城遭受了一次毁灭性的破坏。崆峒山亦难幸免，现存于皇城太白殿后的一通碑记上写到：当时山上弹丸之地竟涌入了数万难民，山下义军围攻不上，山上难民拼死固守，相持达月余，其杀伤之惨烈，破坏之巨大，前所未有。自此以后，崆峒山的宗教活动遂一蹶不振。直到光绪十五年，才有和尚胡鹤迁一人回山落足西台栖云寺。在此其间，崆峒山几乎成了一座荒无人烟的空山。从清末到民国期间是崆峒山宗教的恢复阶段。恢复不外乎重修和创修，重修的有王母宫、招鹤堂、莲花寺、飞升宫、静乐宫等。创建的有七真观、太清宫、八仙庵、茶庵寺以及天台山上的寺院。修建的墓塔有怀睿和尚墓塔，道成大师墓塔和映雪山人塔。象这样的补补修修一直持续到了解放后的1958年。