南京孙中山纪念馆原名藏经楼，位于中山陵与灵谷寺之间的密林中，是一座仿清代喇嘛寺的古典建筑。1934年中国佛教协会发起募建。 此楼专为收藏孙中山先生的物品而建，主要包括主楼、僧房和碑廊三部分，面积达3000多平方米，现辟为孙中山的经典菱处，还展出奉安大典珍贵史料。

抗战胜利后，当时的国父陵园管理委员会曾打算修复这座宫殿建筑，还把藏经楼列入应修复六项工程之一，但由于国民党在内战中迅速溃败，国父陵园仅对主楼作了一些小的维修。新中国成立后，南京市人民政府曾于1955年拨款对主楼加以维修，一度辟为江苏省国画院，当时，一些书画名家曾来此作画。“文革”中，这座隐蔽于密林中的宫殿建筑也没有逃过劫难，再次遭到人为的破坏。碑廊残存的碑文竟被全部凿毁。十年浩劫过去，党和政府对藏经楼的修复给予高度重视，省、市领导人多次亲临藏经楼指导修复工作，解决具体问题。从1982年到1989年，国家和地方先后拨款200多万元修复了主楼，重建了碑廊和僧房。1985年3月12日，藏经楼主楼修复后，辟为孙中山纪念馆对外试行开放。随后，经过两年的准备，1989年6月1日，孙中山奉安中山陵60周年之际，孙中山纪念馆正式对外开放。1989年，中山陵园管理局又拨款200万元，对纪念馆的陈列进行了全面改造，整修一新的纪念馆不仅充实了内容，外观也变得更为绚丽多姿。抗战前，南京民众出于对孙中山的崇敬，曾要求在南京的市中心新街口广场上竖一尊孙中山铜像。当时的南京市政府也曾计划另铸一尊，后来因为抗战爆发，这一计划未能实现。1942年11月，孙中山诞辰72周年前夕，汪精卫为了笼络民心，粉饰自己的卖国罪行，将中央军校内的这尊孙中山铜像移到新街口广场中心，从此，这尊铜像在新街口广场度过24个春秋。1966年“文革”期间，一些无知的红卫兵竟要砸毁新街口广场上的孙中山铜像。南京市委根据周总理的指示，把铜像运到中山陵保存。1968年6月，又移到中山陵广场南面的孝经鼎石座上。 1985年3月12日是孙中山先生逝世60周年纪念日，修葺一新的藏经楼已决定辟为孙中山纪念馆。主楼外观为三层，实际中间还有一层夹层。底层为大厅，大厅中央矗立一座孙中山先生半身铜像，神态逼真。这尊孙中山铜像是由著名雕塑家戴广文创作，南京晨光集团公司铸造。大厅正面壁上是阴刻的胡汉民手书《总理遗嘱》巨幅匾额，两侧对联是孙中山手书的“人类进化，世界大同”，蓝底金字，隶书阴刻。大厅四壁嵌挂着反映孙中山从事革命活动的“出国宣传”、“商讨革命”、“振聋发聩”、“讨袁护国”四幅大型木刻浮雕，每幅浮雕高2．5米，宽2米。浮雕人物呈象牙白色，底色为木质本色，整个画面在质朴中透出历史气势，辉映着大厅庄严、肃穆的气氛。二楼是一座走马楼，四周有回廊，可凭栏俯视底层大厅。回廊北壁为长12米、高1．8米的大型木匾，镌刻孙中山先生-T--书的《建国大纲》全文，这是孙中山先生对中国革命和建设毕生实践经验的总结。木匾底色为宝蓝色，金字阴刻。另三面壁上悬挂反映孙中山革命生涯的ll幅油画。这些油画，以孙中山领导和发动的民主革命的历史为主线，选择重大的历史事件，刻画了光耀中华的杰出历史人物，反映了风起云涌的群众革命运动，给观众以深刻的启示和教育。 十年动乱中，三民主义碑廊的碑文遭到人为的破坏。1986年11月，经中国文物局批准修复碑廊，由中央财政部拨款，省市各方面专家共同研究修复方案，根据南京市档案局所保存的碑刻原文及拓本，逐一按原样重刻。到1989年3月12日孙中山逝世64周年前夕全部竣工，1991年并进一步将全部碑刻镶配玻璃框，加以妥善保护。