法源寺自其初创至今，已有一干三百多年历史。据《元一统志》记载，法源寺始建於唐朝，初名“悯忠寺”。

　　贞观十九年(645年)，唐太宗李世民为哀悼北征辽东的阵亡将士，诏令在此立寺纪念，但未能如愿。武则天万岁通天元年(696年)才完成工程，赐名“悯忠寺”。安史之乱时，一度改称“顺天寺”，平乱后恢复 “悯忠寺”名称。唐末景福年间(892-893年)，幽州卢龙军节度使李匡威重加修整，并赠建“悯忠阁”。阁甚雄伟，有“悯忠高阁，去天一握”之赞语。辽清宁三年(1057年)，幽州大地震时，悯忠寺被毁。辽咸雍六年(1070年)奉诏修复后又改称“大悯忠寺”，从而形成今天的规模和格局。明朝正统二年 (1437年)，寺僧相瑢法师募资进行了修葺，易名为“崇福寺”。满清立国后，朝廷崇戒律，在此设戒坛。雍正十二年(1734年)，该寺被定为律宗寺庙，传授戒法，并正式改为今名“法源寺”。

　　律宗是佛教在唐代国家统一后，佛教内部也需要实行统一的戒律以加强自己组织的情况下，由道宣创立的一个宗派。道宣创立的律宗学说，主要是“心识戒体论”。所谓“戒体”，指弟子从师受戒时，授受的作法，在心理上构成一种防非止恶的功能。律宗把戒分为止持、作持两门：“止持”是“诸恶莫作“，比丘持 250戒，比丘尼持348戒；“作持”是“众善奉行”，包括受戒、说戒和衣食坐卧的种种规定。明代开国皇帝朱元璋原来出身于僧侣，鉴于农民利用宗教起义的历史事实，对佛教进行整顿，扶正祛邪，又保障了佛教在安定环境中的正常发展。清朝是继承明代佛教政策的，它之所以在法源寺设戒坛，定其为律宗寺庙，意在宣扬 “诸恶莫作”、“众善奉行”的律宗教义，对人民进行“治心”。《御制法源寺碑文》称:“人以为戒在是即法在是，未知其法之源也；即谓摄心明戒，亦祗知心之说，而源仍未及知也。”“源不可不达矣，(必须)识心达本源”，并且联系社会现实解说“达源”乃“巨而忠国孝亲，制行立事；细而饮食起居，日用常行”，还说“本皇祖劝善至意，书‘存诚’之颜，揭示万古达源之要”，从而点明了崇尚律宗的要旨。因此乾隆四十三年(1778年)，法源寺应诏再次整修，竣工后乾隆皇帝亲自来到法源寺，御书“法海真源”匾额赐寺，此匾至今仍悬挂在大雄宝殿上。乾隆皇帝还在寺内写下了“最古燕京寺，由来称悯忠”的诗句。在这里，“法海真源”的意义表露的很明白，即:千条万条戒律、刑律，都是“流”，内心存诚才是“源”。从宗教本身的意义来讲，法是梵文Dharma的意译，通指包括佛教教义在内的一切事物。弘扬佛教，追本溯源的话，就首先要抓住律学，从而突出了法源寺作为佛教律宗寺庙的重要地位。

　　1949年以後，这座千年古刹得到政府保护，多次拨款维修。1956年，中国佛学院在这里成立。1963年，亚洲11个国家和地区的佛教徒会议也在这里召开。1980年，创办了“中国佛教图书文物馆”，使之成为佛教文化和佛学研究的中心之一。

　　中国佛学院是以培养僧才为目标的高等佛教院校，1956年在法源寺创办，第一任院长是喜饶嘉措大师。当时设本科、专修两科，来自全国各地的寺庙100名学僧在这里学习。1961年设研究部，1962年开办藏语班。到1966年停办时，已培养毕业生300人，他们现在大部分在各地寺庙中担任住持和寺庙管理工作，少数从事佛学研究。1980年，中国佛学院恢复招生，先後设立专修、本科和研究班，招生的对象是高中毕业或具有高中以上文化程度、已有相当时间的出家经历、信仰坚定、律仪端正、品学兼优、爱国爱教的青年僧人。近二十年来，中国佛学院以“教书育人，学修并重，爱国爱教，弘法利生”为教学的指导方针，培养学僧良好的道德品质，并具有较高的文、史、哲知识水平及佛学造诣，使学僧在德(包括宗教情操)、智、体、美各方面全面发展，成为适应国家和佛教需要的佛教学术研究人才、寺院管理人才及海外联谊和国际佛学交流人才。