科普特博物馆就位于老城区古城巴比伦堡的遗址上。博物馆的独特之处，在于它不仅仅是一座存放古物的建筑，博物馆院内还包括几处重要的遗迹，如巴比伦堡、阿慕尔门等，它们连同古色古香的馆舍本身以及庭园内的教堂圆柱残体，形成了浓郁的历史氛围。博物馆是一幢两层建筑，主楼前竖着一尊半身铜像，台座上刻着：马尔库斯•斯美克帕夏（MarcusSimaikPasha1864-1944），是科普特博物馆的创建者。今天的科普特博物馆是经过3年维修后于2006年6月28日重新开放的。它已成为世界范围内的“科普特学”和埃及基督教文化的研究中心。重新开放的博物馆分25个展厅，1楼9个展厅，其余展厅在2楼，分别陈列展出自公元4世纪至18世纪科普特早期基督教的手稿、纺织品、石刻、陶器、壁画、绘画、圣像、象牙雕刻、金银器、木器、铁艺、玻璃器具和各种手稿等历代文物古迹。该博物馆还有一个图书馆，藏有7,000册关于科普特艺术、语言和历史的文献及珍贵手稿，是研究科普特历史的珍贵资料。仅在每周二对研究者开放。