沙巴的交通还不算发达。公路网虽然较为普遍，搭乘巴士可以到达各个大小城镇。但有些地方还是需要用船或四轮驱动车才能够到达，普通小客车无法进入。这种现状造成偏远地区的人民在教育和医疗设备方面较为落后，水电供应不足，很多时候还需要动用直升机飞到内陆地区，将病人送到大医院进行救治。

乘坐飞机前往沙巴是大多数人的选择。在沙巴运营航班的主要的航空公司是马来西亚航空公司以及亚洲航空，其他航空公司包括港龙航空、新加坡航空、文莱皇家航空和韩亚航空。亚庇国际机场（Kota Kinabalu International Airport，IATA：BKI）是马来西亚第二繁忙的飞机场，从中国大陆、台湾地区、日本、菲律宾、新加坡等地可以乘坐国际航班便捷的抵达这里。

亚庇国际机场距离市区约7公里，机场大巴（Airport Bus）每小时发一班车，下车点分别是Centre Point、Horizon Hotel、Merdeka Field，单程票价RM5。

从2号航站楼（廉航航站楼）最北边入口外可以乘坐迷你巴士No.16c前往市区，单程票价RM1.5，可到达亚庇汽车站（Terminal Wawasan），班次约每小时一班。最后一班车约在17:30-18:00出发。
从1号航站楼可以坐迷你巴士No.17前往市区。迷你巴士停在出机场的主路旁，车站在桥边。单程票价RM1.5，终点在市中心南边1公里处的旺旺山车站（Terminal Wawasan） 从旺旺山车站可以坐城市巴士到市中心，单程票价RM0.50。

如乘坐出租车从机场前往市区，需先从机场到达大厅的窗口买票，上车时再把票给司机即可。到市区的价格约是RM30。

斗湖国际机场（Tawau International Airport，IATA：TWU) 位于沙巴斗湖市。机场有24小时的出租车服务，载游客前往仙本那镇，单程费用大约是每车95RM，可乘4人，也可以乘坐巴士前往斗湖市区，巴士运营时间为8:00-17:00。

沙巴拥有马来西亚东部婆罗洲唯一的火车线路。火车的总站位于离亚庇市中心约10公里的丹容亚路（Tanjung Aru）。可以乘坐火车到达丹南(Tenom），途中会经过Putatan、Kinarut、吧巴镇（Papar）、Kawang、Kimanis、Bongawan、Membakut、保佛镇（Beaufort）、Rayoh和Pangi等市镇。

亚庇长途汽车站位于市区东部，所有去沙巴其他城市的远途大巴都是从这里出发。沙巴的长途巴士大多设有空调和宽敞舒适的座位，有些还有音响及电视机。所有班次由几家巴士公司共同经营，分为上午和下午的车次。在巴士站有各公司的售票柜台，票价大致上相同。长途巴士对自由行和背包旅行者来说是经济、安全和便捷的选择。

哲斯顿城码头（Jesselton Point Jetty）是唯一有船次往返于纳闽岛的渡轮码头，位于亚庇市中心。同时这里也是游客往返东姑阿都拉曼海洋公园和加雅娜岛的最主要码头，而且票价相对来说比较实惠。渡轮和渡船码头的运营时间为6:00-18:00。

出租车
在许多饭店、大型商场或购物中心附近都可找到出租车站，也可以在饭店柜台询问和安排出租车接送。机场往返市区费用一般需要30林吉，不过从半夜0:00-6:00要加收50%服务费，需要45林吉，不可还价。

马来西亚计程车车身黑黄或红白相间，印"Teksi"，"Teksi Bermeter"或“Kereta Sewa”的字样，大多都有冷气。游客也可和司机商讨包车，让他负责同日接送和跟随你们到几个景点。

租车
城市内的大型商场或在机场都能找到租车服务点，价格视乎车种和公司定价而异，车辆都是右座驾驶，靠左行驶。司机和前后座乘客必须扣安全带，晚上7时至早上7时必须开著车灯照明，行驶中不得使用手机且在等待红绿灯时，必须等到绿灯才可转左或转右。

小巴
沙巴主要城市，都有固定的小巴线路往来于市区各地。小巴车身旁都印有所经地区路线。由于收费低和车次频密，是逛市内景点的理想的交通工具。巴士为上车付款，请备好零钱(1元纸币和硬币)，下车地点需要跟司机或售票员协商。

亚庇巴士总站(Wawasan Plaza购物中心旁)有两种巴士，一种是车身青黄色，往返于亚庇市中心各地点的城市巴士，收费为0.5林吉。另一种是小巴，来回于亚庇市和周边的小镇/郊区，回亚庇市的小巴只可以停留在此。