菲律宾由于是群岛国家，所以菲律宾的航空业和航海业十分发达。各个岛屿之间的主要交通方式是飞机和船。

菲律宾航空公司是菲律宾主要的国际航空公司，运营的国际线包括往返于马尼拉及亚洲各国首都的航线。宿雾太平洋航空为菲律宾第二大航空公司，打折促销是其推销机票的常态化运营手段。其他航空公司包括：菲鹰航空、飞龙航空和东南亚航空公司，主要运营菲律宾国内航线。

马尼拉国际机场（Manila Ninoy Aquino International Airport，IATA：MNL）是菲律宾主要的国际机场之一，位于马尼拉市南郊，距市中心约10公里。 由机场到市中心的主要饭店搭乘计程车约需150比索。机场海关旁边的菲律宾中央银行24小时营业，提供兑币服务。机场大厅出口处旁，有菲律宾政府观光局的机场服务中心。从该机场出境时，须付300比索的机场税。

以马尼拉为起点，菲律宾国营铁路分南北两条线路。北线延伸到圣费尔南多，可在中途换车去碧瑶。 南线延伸至雷加斯比，中途可见马容火山。

在菲律宾各大城市中，都有巴士、计程车、三轮车等交通工具。城市之间也有长途巴士穿梭其间。

菲律宾岛屿众多，全国共有数百座港口，其中马尼拉、宿务、三宝颜等地的港口是国内主要港口。往来于各港的游船，等级分为特别舱，头等舱和三等舱。级别最高的是特别舱，分为双人房到八人房等不同的规格，提供私人卫生间、淋浴、空调，头等舱也称游客舱，是通铺，能睡50人左右，提供空调。三等舱是位于甲板层或船底的通铺，较为拥挤。

菲律宾当地主要交通工具为三轮车（Tricycle）和菲律宾特色的吉普车（Jeepney）。三轮车起价30比索，Jeepney一般为每人8比索，根据路段长短添加费用。