1938年夏，新四军第一、第二支队先后挺进苏南敌后，开展抗日游击战争，次年11月，新四军江南指挥部在水西村成立，统一指挥第一、第二支队和地方抗日武装，巩固和发展了苏南抗日根据地。1979年7月9日，溧阳地区发生中强度地震，尚存的新四军江南指挥部司令部、政治部战地服务团等6处旧址遭到破坏。为了缅怀革命前辈的丰功伟绩，继承和发扬新四军的革命精神，同年在溧阳市委、市政府的直接领导下，重修这些旧址，同时建立保护管理机构。1982年3月25日，江苏省人民政府将“新四军江南指挥部旧址”公布为省级文物保护单位，10月，粟裕同志为其题字。1984年9月，旧址修复竣工，是年11月7日，该馆正式对外开放。馆标为叶飞同志所书。

　　新四军江南指挥部司令旧址，原系李氏宗祠，始建于明代。整个祠堂三进四厢房，里面回廊雕窗，斗拱画梁，重修后恢复了历史风貌。政治部战地服务轩等5处旧址，均系砖木结构民宅。该馆占地面积6000平方米，建筑面积2645平方米。

　　司令部旧址现已布置了陈列，原指挥陈毅、副指挥粟裕办公处兼卧室为原状陈列，再现了陈毅、粟裕老一辈无产阶段革命家1939——1940年在此工作、生活的情景。原机要科、侦察科、通讯科等处布置了辅助陈列。整个陈列，通过图照、通过、雕塑、电子模型及音像的有机组合，比较系统地介绍了新四军江南指挥部领导苏南抗日军民浴血奋战的艰苦斗争历程。遵照粟裕同志的意愿，司令部旧址天井内还敬撒有他的部分骨灰。

　　1997年，为延伸教育领域，拓展教育渠道，纪念馆增设了“新四军将帅馆”和“碑廊”。“将帅馆”收录了抗战期间曾经驰骋在苏南抗日疆场、建国后被授予少将衔以上的76位新四军将领的生平业绩。“碑廊”展示了52位新四军老战士题写的诗、词。

　　纪念馆现收藏有关文物、资料2000余件，这是极其珍贵和丰富的教育资源。主要出版物有《新四军江南指挥部史料汇编》、《江南指挥部旧址简介》、《新四军史迹图册》（江南指挥部纪念馆）等。