南投现在发展观光业，所以一些重要观光地点交通很方便。县内两大观光重点：溪头与日月潭，皆可在高铁台中站搭乘台湾好行巴士前往。若要前往山区，如清境农场、奥万大、庐山温泉等地，则在埔里镇有较多班次前往，往埔里可在台中火车站前的干城转运站前往。此外，搭乘铁路“集集线”往日月潭方向亦是旅游重点。

南投没有飞机场，可乘飞机至桃园国际机场（或高雄国际机场），机场有客运班车前往南投。

台湾西部纵贯线铁路虽未经过南投县，但自彰化二水到水里、车埕的集集支线铁路，却横贯南投县中部，并连接县内各主要公路，是条便捷的交通线。离南投最近的站为枋寮车站，此处有专车前往南投。

基隆、台北、台中、高雄等地皆有台汽客运开往南投。彰化、员林客运亦有公车连接了草屯、埔里、竹山、集集、水里等各大重要乡镇，或由台中干城站搭联营公车也可分抵南投各地。南投境内大众运输以彰化、员林、南投客运为主，草屯、南投市、埔里、竹山、水里为五大转运站。

南投不临海，所以没有水路交通系统。

主要以火车和巴士为主。