马来西亚民航主要由马来西亚航空公司经营，有飞机110余架，开辟有航线113条，其中80条为国际航线。截至2013年，马来西亚的公路网涵盖98721公里（61342英里）。铁路系统为国营，2003年，铁路总长2267公里，主要贯穿马来半岛。马来西亚内河运输不发达，海运80%以上依赖外航。

马来西亚航空运输相当发达，除了马来西亚航空公司提供飞越全球110条国际航线外，另外还有50多家国际航空公司飞抵马来西亚。 马来西亚的国内航线十分便利，除了马航之外，还有成功航空（Berjaya Air），亚洲航空（Air Asia）和飞萤航空（FlyFirefly）。这4家航空公司均提供定时的航班，能够把旅客安全送到每一个要去的城市。 中国的北京、上海、广州、深圳等大城市都有直飞马来西亚首都吉隆坡的航班，其中深圳是最便宜的。

马来西亚的铁路主干线有两条：西海岸线和东海岸线，各有一些支线，比如吉隆坡——丁生港支线，城市人在周末经常走这条线去海滨。吉隆坡——巴生港、吉隆坡——石洞、塔坝路——安松海滩之间也有支线，支线火车上乘客很少。 在东马来西亚，连接哥达基纳巴卢——帕帕尔—泰侬的沙巴铁路全长154公里。当初修建这条铁路目的是为了把泰侬的天然橡胶运到港口，现在这条线上每天有两班车，用内燃机车牵引，速度较慢，但却让人充分体会火车旅行的怀旧情调。沿着婆罗洲岛唯一的铁路去访问那些默默无名的小镇，这样的旅行，确实有浪漫情怀。

西海岸线：从新马边境的新山到马泰边境的大平原，全长950公里。它连结首都吉隆坡、北海、怡保等大城市，是马来西亚的交通大动脉，同时又是将曼谷和新加坡南北贯通的国际路线（国际快车每天1次）。乘这条线的乘客特别多，沿线既有繁华的城镇、广阔的水田，又有橡胶园和热带丛林，风景千变万化。

长途汽车

汽车站一般都在市中心，很容易找到，有些大城市设有几处汽车站。 站上有各个汽车公司的售票处，在这里标明行车方向、票价、发车时间。汽车站里一般都有候车室、餐厅、商店，有的还有行李寄存处。 同一条路线上常常有几家公共汽车公司竞争，各种车的设备与票价也不同。最便宜的是无空调车，到郊区去乘这种车就很好。空调车票价虽贵，但座位舒服，适合长途旅行。 买票时要向售票员说清楚目的地和发车时间。除了节假日等交通繁忙时候之外，一般可以买到当日票，但为保险起见，每到一个城市就应将到下一个目的地的汽车情况了解清楚，最好提前购票。除了在车站上买票外，在旅游代理公司、一些饭店、招待所也可买车票。 始发车一般都准点开车，最好早上车。路上要查几次票，因此注意保存好车票。 旅游者在路上可以招手拦过路车，上车后再买票。

租车

租车规定：在马来西亚租借汽车或摩托车时，需出示国际驾驶许可证，开车者年龄要求在21～60岁之间。有的租车公司要求在23岁以上，也有的要求领到驾驶执照超过一年。

交通规则：马来西亚车辆都靠左行驶，必须系好安全带。马来西亚人一般都遵守交通规则，但有时也有摩托车狂奔乱跑，或者有动物跑到公路上，开车时要小心。

渡船定时来往于马来半岛与兰卡威岛、槟城、邦喀岛以及刁曼岛这几个著名的岛屿之间。此外从新加坡的漳宜码头至柔佛州迪沙鲁的Tanjung Belunkor之间也有渡轮。 需要特别注意的是，马来半岛同马来西亚婆罗洲之间没有渡船往来，只有班机可以进出。

公交车

有的城市有小公共汽车，走的路线与普通公共汽车相同，有时可以当作合乘式出租车来使用。

出租车

马来西亚的出租车分为两种：市内短途车和长途车。车顶上安着一块牌子，写明“TEKSI”或“KERETA SEWA”。

出租车站：一般在市中心，紧靠公共汽车站。一般城市市内出租车与长途出租车共用一个车站，一些大城市则各有各的车站。车站问讯处贴着每辆车的收费表。告诉工作人员要去的地方，他会指示你该乘哪辆车。

在大街上打车：先说明目的地，讲好价钱才上车。关于收费标准可先在旅游局或饭店里问好。

合租式出租车：车费虽比公共汽车稍贵一些，但乘客够4个人就能出发。速度比公共汽车快，并能一直送到宾馆。乘客若急着赶路，而又不足4人时，可多付些钱让司机提前发车。

在机场打车：一般机场里有出租车专柜，向工作人员说明目的地，根据距离远近付钱后既可领到一式两份通票。一份给司机，一份自己保留。

短途出租车：吉隆坡和新山等城市都有计程式出租车。如果没有约定价格，乘车应该要求打表。如果要包车游览几个景点，事先要讲明“需要多长时间，到什么地方，车费全部多少元、或每个人多少元”等条件。将目的地写在纸上更清楚。

长途出租车：往来于各个城市之间，有的还可以越过国境。在吉隆坡、新山等城市，长途出租车的车站、车体颜色都不同于市内车。

人力三轮车

槟榔屿、马六甲和哥达基纳巴鲁等城市依然存在着人力三轮车，这是一种既方便又有情趣的交通工具。它可以很灵活地在小胡同里穿行，收起车篷时视野开阔。