南台寺在于瑞应峰下的三生塔南面，号称“天下法源”，距福严寺2公里不到。南朝梁天监年间创建，原是海印和尚修行的处所，在寺院后左边的南山岩壁上，有一如台的大石。据说当年海印和尚常在这块石上坐禅念经，所以寺名“南台”。现在台边还清晰可见“南台寺”三个径大二尺的大字，左边有“梁天监年建”，右边有“沙门海印”两行直刻小字，该寺是省级重点文物保护单位。 南台寺被日本佛教曹洞宗视为祖庭，曹洞宗和南台寺所属的临济宗同出禅宗南宗创始人惠能一宗。清光绪二十九年（1903年），日本曹洞宗高僧梅晓来南台寺接连宗源，赠了不少藏经给南台寺，留下了“梅晓赠经”的佳话。

南台寺自唐代创建后，曾经废圮，直到宋代乾道元年（公元一一六五年） 才得重新修缮。明朝初年，寺院荒废。明弘治年间，元碍和尚重建。清初，寺院又废圮。有些僧徒乘机分移寺产，在山下岳庙旁各建小寺，自称南台嫡系正派。光绪年间衡阳人淡云和尚与其徒，见新老南台真伪并出，“争利于禅林，有辱佛门”，便下决心重振南台正宗。光绪十六年（公元一八九0年），他找到了南台寺旧址。募捐一万八千余贯，光绪二十八年（公元一九0二年）开始动工，历时四年，到乙已年（公元一九0五年）将寺建成。寺宇规模宏大，超过历代所建的规模。 新中国成立以后，南台寺仍然是南岳僧侣农禅并举的重点寺院。1982年南台寺被国务院批准为全国重点开放寺庙。1987年，宝昙荣任南台寺方丈。时逢盛世，国泰民安，因缘殊胜，宝昙方丈率众弟子，身体力行，智悲双运，修寺宇，塑佛像，置法器，办学苑，兴农禅，肃清规，今日之南台寺，再度成为东土名刹，江南明珠也。