在余杭区良渚镇一带，发现于1936年，是新石器时代晚期人类聚居的地方，出土的石器有斧、锛、镰、矛、穿孔斧、穿孔刀等，磨制精致；特别是石犁的使用，说明当时早已进入犁耕阶段。 出土的陶器，以泥质灰胎磨光黑皮陶最具特色，采用轮制，器形规则，圈足器居多，用镂孔、竹节纹、弦纹装饰，也有彩绘，玉器发现很多，有璧、琮、璜、坠、环、珠等，大部分出土于墓葬中。 与良渚遗址同类型的遗址，在长江下游的苏南，直至钱塘江以北的平原地区，分布较广，考古学界统称为“良渚文化”，其年代距今约5300年至4200年，先后延续达千年之久。

良渚遗址最早被发现于1936年，当时西湖博物馆的工作人员施昕更在良渚一带最早进行了的具有现代意义的田野考古发掘，出土的陶器中有引人注目的黑陶，当时被认为与山东龙山文化类似。随后，黑陶、磨光石器和精致玉器为代表的新石器文化遗存在环太湖流域不断被发现，与龙山文化的差异也逐渐明显。 1959年中国社会科学院考古研究所研究院，考古学家夏鼐依照考古惯例按发现地点良渚命名。 1961年，浙江省人民委员会公布省级重点文物保护单位名单，良渚遗址位列其中。 1986年，良渚反山遗址被发现，发掘出11座大型墓葬，有陶器、石器、象牙及嵌玉漆器1200多件。此后至2007年，良渚文化遗址从40多处增加到135处，有村落、墓地、祭坛等各种遗存。 1987年，余杭县文物管理委员会设立良渚遗址管理所。 1994年，良渚遗址被列入中国政府向联合国教科文组织申报世界遗产的预备清单。 1996年，被中国国务院列入第四批全国重点文物保护单位名单。 2007年11月29日，浙江省文物局宣布，一座290多万平方米的5000年前的古城在良渚遗址的核心区域被发现，良渚古城遗址成为当时所发现的同时代中国最大的城址遗址。