专家论证 绘图复原
正觉寺的“还原”分为两个阶段，2003年一期工程修缮寺内遗留建筑物990平方米，2009年第二期工程修缮2659平方米。
2003年，一期修缮工程完毕后，市文物局将正觉寺复建工程方案上报国家文物局，2004年9月修改后的复建方案通过了国家文物局的审批。复建工程的建筑面积规模为2659平方米，项目总用地面积14300平方米。此后，国家文物部门召开专家论证会，认为复建基本符合《圆明园遗址公园规划》的要求并同意批准。北京市文物局再次审查了设计图纸并给予了明确批复，对复建保护工程中的辅助配套设施提出重要的指导性意见。
2009年12月16日，正觉寺复建保护工程正式开工。复建内容包括天王殿、三圣殿、最上楼、六大金刚殿、东转角房、东路辅房、掖门、院门、值房等，它们与之前已经修缮的楼阁共同构筑正觉寺的新貌。
复建从何而起？设计施工图是关键。
圆明园规划科科长介绍，图纸是严格按照现有建筑、文献和历史资料设计而成。为此，文保所和圆明园多位规划建筑人员翻阅了大量史料。
因为当时正觉寺主殿三圣殿的立柱基座、须弥座、大殿腰线部位以下的墙砖均为清代遗存，西五佛殿、文殊阁等建筑基本保存完整，西五佛殿的横梁上还保存着乾隆年间的彩画，300多年前的双龙戏珠彩绘图案依稀可见。这些遗存为复建打下了良好基础。
工作人员还以山门图片、《样式雷地盘看样图》为参考，并与清代同期同类型建筑、书籍、工程做法、营造则例等对比，并考察了承德的普宁寺，最终绘制成一套复原图。
修旧如旧 精选材料
复原方案由北京市文物建筑保护设计所完成，市园林古建公司负责施工。2010年10月，正觉寺主体完工后，当时木材、墙体上还未涂上油漆。工作人员解释，木材中水分较大，为了保证施工质量，经过半年的晾晒后，到今年上半年才开始进行油饰和彩绘。
按照文物修缮“修旧如旧”的原则，施工人员对施工材料要求精挑细选。据了解，砖瓦之类都是从正规的古建砖瓦厂购买，兽、脊件等器件均以现有实物的形制、尺寸为准定制。屋面苫背也采取混合白灰、青灰和麻刀的掺灰泥做法，台明、墙体等则是灰色的手工砖砌筑而成，部分石构件按照实物翻新，而折断的石件则用环氧树脂粘贴。
此外，殿顶的琉璃瓦也都是按当年圆明园的等级烧制而成，三圣殿内22根近10米高的立柱均为进口的松木，横梁为名贵的红木。
正觉寺内的彩绘也值得一提，寺内有两种类型的彩绘，庙宇风格的旋子彩画和宫廷风格的和玺彩画。据市古建所彩绘专家高成良介绍，由于山门和西配殿内檐，还保存着较为完整的彩画。三圣殿、最上楼、天王殿等建筑都是参考这些彩画，并参考同期同类庙宇，比如承德的普宁寺，经专家论证后复建。
修缮一新 复原旧貌
修缮一新的正觉寺庄重肃穆，气势恢弘，寺内古木参天，在中轴线上，天王殿、三圣殿、文殊亭、最上楼等灰顶红墙的楼阁一字排开。寺内所有建筑均为官式做法，屋檐上翘，屋顶为灰色，墙壁呈亮眼的朱红色，屋顶内檐则用人工手绘和玺彩画和旋子彩画等，花纹蓝绿相间、繁复精细。以天王殿为例，新建的天王殿是单檐歇山式建筑，面阔五间，建筑面积约202平方米，有单翘单昂五踩斗拱和金线大点金龙锦枋心旋子彩画。
