处于洞穴动物食物链顶端的两种蝙蝠，分别居于两个洞穴中(1号和2号)；1号宝角牛洞里的三叶小蹄蝠数量在100只以上，而2号洞里的大长舌果蝙蝠数量在30-40只。

　　洞穴环境中的食物的丰富程度，决定了洞穴动物多样性的丰富程度。地处保护区内的勐远洞穴区，洞外的原始森林生态系统完整、生物多样性丰富，为这些蝙蝠提供了充足的食物；而如此大量居住并频繁进出洞穴的蝙蝠则又为洞穴里的其他洞穴生物提供了食物来源(包括蝙蝠从洞外带入的食物残渣、蝙蝠的粪便甚至蝙蝠自己死亡后的尸体)。因此，我们可以很容易地观察到这样的现象：洞穴里的蝙蝠粪便多的地点，穴居动物的种类和数量都多；尤其是腐食性的马陆类和螺类、以及杂食性的斑灶马。宝角牛洞是在当地小乘佛教地区有着一定影响的宗教朝拜洞穴，并在上世纪90年代作过建议的旅游开发，游客和朝圣者进入洞穴后遗留下来的食物残渣和火把残木/竹，在洞穴内的高湿条件下腐烂的很快，给那些腐食性动物带来了丰富的食物，腐食性洞穴动物的种群数量得以大量增加。

　　洞穴与外界的联络方式决定了洞穴生物的丰富程度。2号洞是一个具有较大的洞穴空间和很多与外界直接联通的开口，因此2号洞在4个考察的洞穴中，无论是洞穴动物的种类数量或种群数量都是最为丰富的；其次是双开口的宝角牛洞。而单一开口的3号洞和4号洞相对贫少很多。

　　与地表上的生态环境影响不同，地下洞穴内空气中温度对于洞穴动物多样性中的洞穴物种和群落分布的影响不大。因为，除了靠近外界的洞口区域之外，在洞穴内部，温度值是恒定不变的(21°C)和均匀的，而且在同一地区的不同洞穴这一恒温值是没有差异的。

　　相比之下，洞穴环境因子中的湿度对于洞穴动物的分布有着一定的影响。洞穴斑灶马是穴居动物代表性动物和常见种，也是数量上的优势种，而且见于洞穴内除水域外的所有洞段，尤其是洞壁上。斑灶马并不喜欢过于潮湿的洞壁，单过于干燥(湿度在65%以下)也几乎没有灶马分布。倍足类动物马陆对洞穴湿度的喜厌程度与灶马相类似。洞穴湿度对洞穴生物的影响，在宝角牛洞和4号洞显得更为明显，在宝角牛洞里的一些处于高位、空气湿度很低的干燥歧洞里，就没有马陆或斑灶马。而单一通道的4号洞里的空间主要是河道，因此空气湿度很大，加上陆地面积少、创造食物来源的土壤(淤泥)堆积少，故洞穴动物的种类和数量也很少。